蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（ Data Bank）

PDB蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(全稱,簡稱PDB數(shù)據(jù)庫)是美國國家實驗室于1971年創(chuàng)建的，由結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織(y for tics,簡稱RCSB)維護(hù)。PDB數(shù)據(jù)庫以文本文件形式存儲分子數(shù)據(jù)，每個分子形用一個獨立的文件。早期的分子文件的文件名后綴為“.pdb”，1997年以后每1種生物大分子對應(yīng)1組(3個)相關(guān)文件分別是：全文文件(后綴為“.full”相當(dāng)于原來的“.pdb”文件)、書目文件(后綴為“.biblio”)和圖形文件(后綴為“.gif”)。

PDB數(shù)據(jù)庫是生物大分子的原子坐標(biāo)和描述蛋白質(zhì)和其他重要生物大分子相關(guān)信息的存儲庫。結(jié)構(gòu)生物學(xué)家使用x射線晶體學(xué)、核磁共振光譜和冷凍電子顯微鏡等方法來確定分子中每個原子相對于彼此的位置，然后存儲這些信息，并由PDB數(shù)據(jù)庫注釋并公開發(fā)布到檔案中。

不斷增長的pdb文件反映了世界各地實驗室正在進(jìn)行的研究結(jié)構(gòu)，可用于許多相關(guān)的蛋白質(zhì)和核酸生命的中心過程研究，因此您可以訪問PDB數(shù)據(jù)庫以查找核糖體、致癌基因、藥物靶標(biāo)甚至整個病毒的結(jié)構(gòu)，具體網(wǎng)址：，免費在線訪問。網(wǎng)站主頁展示本月的特色蛋白質(zhì)分子，但本篇文章主要介紹溶菌酶。

首頁搜索框，搜索溶菌酶()，結(jié)果如下圖。溶菌酶作為水解酶，是一種普遍存在于許多不同生物體中的蛋白質(zhì)。在頁面左側(cè)，顯示跨越不同的分類學(xué)層次的不同的結(jié)構(gòu)，以及這些結(jié)構(gòu)首次發(fā)布位置的文章的引用，下滑還可以看到有大量的溶菌酶結(jié)構(gòu)頁面，基本上所有的溶菌酶結(jié)構(gòu)信息都在這里體現(xiàn)。

PDB數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)按四字母代碼分類，我們將重點關(guān)注天然人類溶菌酶的晶體結(jié)構(gòu)，你可以通過它們的代碼輕松搜索。點擊每個晶體結(jié)構(gòu)可以跳轉(zhuǎn)至具體頁面,看到作者的原始引文和pubmed中原始論文的鏈接。以1REX為例，它是通過X射線衍射確定的，分辨率為1.5A。

如果您想明確此結(jié)構(gòu)的序列，您可以在序列選項卡下查看氨基酸的序列以及這些氨基酸對二級結(jié)構(gòu)的貢獻(xiàn)。下圖顯示了一個alpha螺旋，一個beta表。

如果你只想要純文本格式的純氨基酸序列你可以去顯示文件，然后fasta 。這里是氨基酸從n端到c端的順序。

你也可以去3d視圖查看，這里是一個卡通版本顯示。你可以將顏色設(shè)置更改為序列，色帶顏色從藍(lán)色變?yōu)榧t色，類似于彩虹色；如果將顏色更改為二級結(jié)構(gòu)，藍(lán)色表示in終端，紅色表示c終端，你可以看到alpha螺旋、beta折疊和蛋白質(zhì)的隨機線圈。

如果你想看一下pdb文件，你可以直接顯示它，它是一個文本文件。每個pdb文件開篇都會介紹所有原子坐標(biāo)對分子的描述，來源于解決分析的結(jié)構(gòu)和實驗細(xì)節(jié)的作者。

接下來文件列出了蛋白質(zhì)的氨基酸序列。pdb文件的一部分定義了每個原子的精確位置、三維空間中的結(jié)構(gòu)，每個原子在單獨的行中描述，前幾列將原子定義為序列中特定氨基酸的一部分，后面的列列出一組xy 和z，坐標(biāo)以精確定位結(jié)構(gòu)中的原子。